Es war der Wille eines Königs, der das Mutterhaus des Lusitano-Vollblüters in Portugal, das Gestüt Alter, ins Leben rief.
Der pferdebegeisterte König João V. ordnete 1726 den Bau der königlichen Stallungen von Belém an und verwandelte eine barocke Reithalle von einem der drei Bauernhöfe, die er in der Gegend erworben hatte, in eine königliche Reithalle. Nach Abschluss der Arbeiten erkannte der Monarch auf Anregung seiner Königin Maria Ana von Österreich – ebenfalls eine Pferdeliebhaberin und Liebhaberin des Reitsports, der damals an allen Höfen in Mode war, so auch an ihrem in Wien – die Notwendigkeit, Portugal mit den besten Reitpferden aus einheimischer Produktion auszustatten, die für den Unterricht an der Hohen Schule geeignet waren.
Mit diesem Ziel vor Augen wurde 1748 das Königliche Gestüt von Alter gegründet.
Als Standort für dieses Projekt wurde die Coutada do Arneiro auf einem Gelände von etwa 800 Hektar gewählt. Zwischen 1749 und 1770 wurde hier eine Herde gegründet, deren ursprünglicher Kern aus Stuten andalusischer Herkunft bestand, die meisten von ihnen mit braunem Fell.
Obwohl er von König João V. angetrieben wurde, war es sein Sohn, D. José I., der für die Einrichtung und Strukturierung dessen verantwortlich war, was heute noch das bemerkenswerteste portugiesische Gestüt ist.
Da es ihm gelungen ist, über mehrere Jahrhunderte hinweg schwierige historische, genetische, soziale und wirtschaftliche Widrigkeiten zu überwinden und dabei eine unerschütterliche Langlebigkeit zu bewahren, wird dieses Gestüt von vielen als das älteste Gestüt der Welt angesehen, das ununterbrochen an ein und demselben Standort betrieben wird.
A Coudelaria de Alter é criada em 1748, no âmbito de uma nova política coudélica, iniciada em 1708, pelo Rei D. João V, consequência da moda europeia. Dominando a política coudélica, estava a profunda convicção de que a identidade nacional e a caracterização plástica e artística da Picaria Real teria de assentar na produção nacional de cavalos de sela, de Alta Escola. A Coudelaria de Alter será instalada na Coutada do Arneiro, propriedade da Casa de Bragança, sendo a mais antiga e notável Coudelaria Portuguesa e, no mundo, a que mais tempo leva de funcionamento ininterruptamente no assento originário.
É ao Rei D. José I que, quase inteiramente, cabe o mérito da instalação e estruturação da Coudelaria de Alter. O núcleo inicial da manada foi inteiramente constituído por éguas, na sua maioria, propositadamente adquiridas em Espanha. No processo de alargamento da área de pastoreio foi organizado, no final de 1757, o potril da Azambuja para funcionar como estrutura complementar da Coudelaria de Alter, para recria dos poldros após a desmama.
Entre 1770 e 1800 a Picaria Real atingiu o máximo esplendor, para o que também foi decisivo o ensino do, Estribeiro-Mor, D. Pedro de Meneses, 4º Marquês de Marialva. É também reflexo desse período a edição, em 1790, de “A Luz da liberal e nobre arte da cavalaria” da autoria de Manoel Carlos de Andrade, Picador da Picaria Real. Em 1787 a Rainha D. Maria I decidiu a criação de um novo picadeiro, mais consentâneo com a dama da Picaria Real iniciando-se de imediato a sua construção. O novo picadeiro, em estilo Neoclássico, foi inaugurado em 1793, e podemos vê-lo visitando o Museu Nacional dos Coches. Não é só no picadeiro que os Alter Real brilham. Brilham também no Terreiro do Paço na estátua que Machado de Castro esculpiu, em 1775, para glória do Rei D. José I, montado num Alter-Real, o Gentil e no fausto dos cortejos de Gala, espelho do poder e grandeza da Corte e do País.
No decorrer do século XIX, a instabilidade da vida nacional, reflecte-se na vida administrativa e técnica da Coudelaria de Alter. De 1842 a 1910 a Coudelaria passa por grandes dificuldades e sobressaltos, foi o tempo dos cruzamentos. Nesta altura o que se pretende é completamente diferente: num primeiro tempo pretende-se a produção de cavalos de tiro e num segundo a produção de cavalos de corrida provocando a secundarização do Alter Real. Constatados os maus resultados da introdução de sangue de tiro e de sangue árabe na manada de alter, a partir de 1876 voltaram a ser utilizados reprodutores Alter Real.
Proclamada a República e arrestados os bens da coroa, a Coudelaria foi transferida, em Março de 1911, para o Ministério da Guerra, através da Comissão Técnica de Remonta. A Coudelaria passa assim a Coudelaria Militar. O objectivo da Coudelaria Militar de Alter do Chão tinha claras intenções de fomento. Mas foi feita uma forte persistência nos cruzamentos absorvendo o Alter Real e produzindo cavalos de desporto. Em 1939, face à crescente mecanização das forças armadas são extintos os serviços de fomento hípico do Ministério da Guerra.
Em 1942 a Coudelaria Militar de Alter do Chão foi extinta e as propriedades e a manada foram integradas no Ministério da Economia. Em seu lugar surgiu a Coudelaria de Alter sob jurisdição da Direcção Geral dos Serviços Pecuários. O objectivo foi desde logo definido, sendo ele a recuperação do Alter Real, na altura quase em extinção. O trabalho para o alcance deste objectivo inicia-se logo em 1942 a partir de 11 éguas e 3 garanhões. As éguas, as únicas Alter Real puras recebidas da Coudelaria Militar e os três reprodutores, “Regedor” e “Vigilante” (Reprodutores adquiridos em leilão em 1938 pelo Dr. Ruy D’Andrade que agora os cede ao estado) e “Marialva II” (da Coudelaria do Dr. Fontes Pereira de Melo, na qual sempre imperou sangue Alter Real). Foi com base nestes três reprodutores que até 1979 se conseguiu obter a recuperação do Alter Real.
A partir de 1980 desenvolve-se um trabalho constante de especialização do Cavalo Alter Real em Alta Escola mais afincadamente procurada e plenamente atingida a partir do lançamento, em 1979, da Escola Portuguesa de Arte Equestre, numa sequência do que foi a Picaria Real. Em 1996 são tomadas medidas de intensificação da actividade da Coudelaria de Alter através do Programa de Desenvolvimento Integrado, que vigorou até 2006.
Em 2007 a Coudelaria de Alter é integrada na Fundação Alter Real, mantendo a sua missão de fundo, criação e valorização do cavalo Lusitano Alter Real.
A 2 de Agosto de 2013, a Coudelaria de Alter passa a ser gerida pela Companhia das Lezírias, SA, tendo-lhe sido atribuída através de delegação de competências de serviço público, a preservação do património genético animal da raça lusitana, quer na linha genética da Coudelaria Nacional, quer na linha Alter Real.