Fue la voluntad de un rey la que dio origen a lo que se convertiría en la casa madre del caballo pura sangre lusitano en Portugal, la Yeguada de Alter.
Aficionado a los caballos, el rey João V ordenó la construcción de las Caballerizas Reales de Belém en 1726, transformando un picadero barroco de una de las tres fincas que había adquirido en la zona en un Picadero Real. Con la obra concluida, el monarca, animado por la reina, doña María Ana de Austria – también amante de los caballos y de la práctica ecuestre, muy en boga en todas las cortes de la época, como era el caso de la suya, en Viena de Austria -, se dio cuenta de la necesidad de dotar a Portugal de los mejores caballos de silla de producción nacional, adecuados para la práctica de la Alta Escuela.
Con este deseo real en mente, se fundó en 1748 la Yeguada Real de Alter.
El lugar elegido para albergar este proyecto fue la Coutada do Arneiro, en una propiedad de cerca de 800 hectáreas. Entre 1749 y 1770 se formó aquí un rebaño cuyo núcleo primitivo estaba compuesto por yeguas de origen andaluz, la mayoría de capa castaña.
A pesar de haber sido impulsado por el Rey João V, fue su hijo, D. José I, el responsable de la instalación y estructuración de lo que aún hoy es la más notable Yeguada portuguesa.
Gracias a que ha logrado superar difíciles adversidades históricas, genéticas, sociales y económicas a lo largo de varios siglos, manteniendo una longevidad imperturbable, esta ganadería está considerada por muchos como la más antigua del mundo que funciona ininterrumpidamente en el mismo emplazamiento.
La Yeguada Alter fue creada en 1748 como parte de una nueva política de cría, iniciada en 1708 por el Rey D. João V, como consecuencia de la moda europea. Dominando la política de sementales, existía la profunda convicción de que la identidad nacional y la caracterización plástica y artística de Picaria Real tendría que basarse en la producción nacional de caballos de silla de montar de Alta Escola. La Yeguada Alter se instaló en la Coutada do Arneiro, propiedad de la Casa de Bragança, siendo la Yeguada Portuguesa más antigua y destacable del mundo y la que más tiempo tarda en funcionar de forma continuada en su asiento original.
Es a D. José I a quien pertenece casi en su totalidad, el mérito de la instalación y estructuración de la Yeguada Alter. El núcleo inicial del rebaño estaba formado en su totalidad por yeguas, la mayoría de ellas adquiridas intencionadamente en España. En el proceso de ampliación de la zona de pastoreo, a finales de 1757, se organizó el potro de Azambuja que funcionó como estructura complementaria de la Yeguada Alter para la recreación de los potros después del destete.
Entre 1770 y 1800 la Picaria Real alcanzó su máximo esplendor, por lo que también fue decisiva la enseñanza del Ribeiro-Mor, D. Pedro de Meneses 4º Marqués de Marialva. Este período también refleja la edición de 1790 de "A Luz da liberal e nobre arte da cavalaria" de Manoel Carlos de Andrade, Chipper de Picaria Real. En 1787, la reina D. María I decidió crear una nueva arena, más acorde con la señora de la Picaria Real e inmediatamente comenzó su construcción. El nuevo estadio de estilo neoclásico fue inaugurado en 1793, y podemos verlo visitando el Museo Nacional del Entrenador. No es sólo en la arena donde el Alter Real brilla. También brilla en el Terreiro do Paço en la estatua que Machado de Castro esculpió en 1775, para gloria del rey D. José I, montado en un Alter-Real, el Suave, en el esplendor de las procesiones de Gala, espejo del poder, la grandeza de la Corte y del país.
Durante el siglo XIX, la inestabilidad de la vida nacional se reflejó en la vida administrativa y técnica de la Yeguada Alter. De 1842 a 1910, la Yeguada pasó por grandes dificultades y sacudidas, era el tiempo de cría. En este punto, lo que se buscaba era completamente diferente: en primer lugar, se pretendió la producción de caballos de tiro y, en segundo lugar, la producción de caballos de carreras, lo que hace que el Alter Real sea secundario. Una vez que se encontraron los malos resultados de la introducción del árabe y de la sangre de disparo en el rebaño, a partir de 1876 se volvieron a utilizar los criadores de Alter Real.
Proclamada la República y embargada los bienes de la corona, la Yeguada fue transferida en marzo de 1911 al Ministerio de Guerra a través de la Comisión Técnica de Remonta. Yeguada se convierte así en Yeguada Militar. El objetivo de la Yeguada Militar Alter do Chão tenía claras intenciones de desarrollo. Pero hubo una fuerte persistencia en la encrucijada entre la absorción del Alter Real y la producción de caballos de deporte. En 1939, debido a la creciente mecanización de los militares, se extinguieron los servicios de cría de caballos del Ministerio de Guerra.
En 1942 se extinguió la Yeguada Militar Alter do Chão y las fincas y el rebaño se integraron en el Ministerio de Economía. En su lugar surgió la Yeguada Alter, bajo la jurisdicción de la Dirección General de Servicios Ganaderos. El objetivo se definió inmediatamente, siendo la recuperación del Alter Real, en ese momento casi en extinción. El trabajo hacia este objetivo comienza en 1942 con 11 yeguas y 3 sementales. De las yeguas, la única pura de Alter Real fue recibida de la Yeguada Militar y de los tres criadores, "Regedor" y "Vigilante" (Criadores adquiridos en subasta en 1938 por el Dr. Ruy D'Andrade que los entregó al estado) y "Marialva II" (De la Yeguada del Dr. Fontes Pereira de Melo, en la que siempre reinó la sangre de Alter Real). Fue a partir de estos tres criadores que hasta 1979 se logró la recuperación de Alter Real.
Desde 1980 en adelante, se ha llevado a cabo un trabajo constante de especialización del Alter Real Horse en Alta Escola. Ha sido la más buscada y alcanzada desde el lanzamiento en 1979 de la Escuela Portuguesa de Arte Ecuestre, siguiendo lo que fue la Picaria Real. En 1996 se toman medidas para intensificar la actividad de la Yeguada Alter a través del Programa de Desarrollo Integrado, que duró hasta 2006.
En el año 2007 la Yeguada Alter se integró en la Fundación Alter Real, manteniendo su misión de origen, crianza y apreciación del caballo Lusitano Alter Real.
El 2 de agosto de 2013, la Yeguada Alter es gestionada por la Companhia das Lezírias, SA, y se le ha atribuido, a través de la delegación de competencias de servicio público, la conservación del patrimonio genético animal de la raza lusitana, tanto en la línea genética de la Yeguada Nacional, como en la línea Alter Real.