Hoy es posible conocer en la yeguada un vasto conjunto de espacios históricos que se han armonizado con el presente, continuando siendo de gran utilidad para las actividades diarias que se desarrollan en Alter en favor del caballo, tales como: el Patio das Éguas; el Potril; el Patio D. João VI; la Parada y Pista Principal; la Cuadra de Sementales; el Picadero de Sementales; el Picadero Gomes da Silva; el Picadero D. José de Athayde; las Pistas de Concurso; la Unidad Clínica; la Unidad de Reproducción y Neonatología; el Laboratorio de Genética Molecular; la Escuela Profesional Agraria – EPDRAC; la Casa de Trenes; la Cetrería; el Tentadero; el Hotel; y también una ruta arqueológica.

Destacan el Pátio das Éguas, construido cuando la yeguada era una unidad militar – y que aún hoy es el lugar elegido para que las yeguas coman, beban y descansen con sus potros – y uno de los edificios más antiguos de la Yeguada Alter, que data de su fundación, las «Casas Altas» – una imponente propiedad que se asemeja a una alta fortaleza blanca, que en su día fue capilla, pajar, granero, y donde hoy se encuentra el Centro de Interpretación de la Yeguada Alter, el lugar ideal para iniciar un recorrido por la yeguada, ya que muestra la historia y el contexto de la yeguada, así como toda su organización y sus distintas valencias.